유전체 복제수 변이마커를 이용한 자궁내막증의 유전적소인 연구 가톨릭대학교 대학원 의학과 산부인과(2010년2월) 윤 호 주
< 초록 >
연구목적
자궁 내막증은 불임, 만성골반통을 유발하는 질환으로 병인론은 아직 불분명하다. 그 원인을 규명하는 과정에서 유전적 요인이 대두되었으며 20 개 이상의 유전자에 대한 연구가 있지만 아직 유전체 복제수 변이마커를 이용한 연구는 없었다. 자궁내막증의 발병 감수성에 기여하거나 연관이 있는 유전적 소인을 유전체다형성중심으로 규명하여 유전적 소인을 밝히는데 기여하고자 한다.
연구방법
25-50 세 가임기 여성중 자궁내막증 환자를 실험군으로 하고 그 외 자궁근종이나 난소낭종등 양성 부인과 질환으로 수술을 받는 환자중 복강경으로 자궁내막증이 없는 것이 확인된 환자를 대조군으로 하였다. 대상 환자들의 말초 혈액을 이용하여 DNA 를 추출하여 보관한후 Affimatrix SMP Chip을 이용하여 100K 또는 500K 분석을 한뒤 copy number analysis soft ware 를 통해 copy number 분석을 실시하였다. 최종적으로 결정된 41개의 영역에서 각각의 copy number variation region (CNVR)에 대한 copy 수의 변호여부와 자궁내막증의 상관관계에 대해서 나이를 보정한 다중 로지스틱 회귀분석을 실시하였다. 검출된CNVT 은 real-time quantitative PCR(qPCR) 방법을 이용하여 실험격으로 검증하였다. ?
연구결과
연관성 분석은 발굴한 751 개의 CNVR 중 allele frequency 가 1% 이상인 41 종의 CNVR 을 대상으로 실시하였다. 2종의 CNVR 가 자궁내막증군과 정상인 군에서 p〈 0.05 미만의 유의한 차이를 보였다. lq21.3 의 CNVR 에는 coding gene 이 존재하지 s,s 않았으며 정상 대조군에 비해 자궁내막큼 환자 군에서 copy number loss CMVDML 빈도가 유의하게 낮았다(p〈 0.028). Iq21.3 의 CNVR 에는 GSTMI 유전자가 위치하며 정상 대조군에 비해 endometriosis 환자군에서 copy number gain CNV 의 빈도가 유의하게 높았다(p〈 0.038). Genomic qPCR 결과 lq21.3 의 CNV 는 independent relication set 에서도 유의한 차이를 나타내었다. 대조군 42 명 중 20 명에서 intensity ratio 0.5 이하의 결손이 나타난 반면 환자군 37명에서는 9명만이 결손을 나타내었다.(p=0.237)
결론
본 연구는 자궁내막증 환자를 대상으로 한 유전체 복제수 변이마커를 마커를 찾아낼 수 있었다. 향후 이 마커들에 대한 추가적인 연구로서 자궁내막증의 고위험 환자를 선별하는데 기여하게 할 것으로 사료된다.
이 논문은 솜씨좋은산부인과에서 시행한 것이기 때문에 타병원으로 확대해석하는 것은 맞지 않습니다.
결과
대상자의 임상특성
673 예의 대조군과 65 예의 자궁내막증 환자의 DAN 가 본 연구에 이용되었으며 CNV 발굴을 위해서는 자궁내막증 제 3 기와 4 기의 판자들을 대상으로 하였다. 환자의 평균 나이는 대조군은 41.2 ±11.6 세 였으며, 자궁내막큼 제 3 기가 35.2 ±8.0 세 이었고 제4기는 34. ±8.3 세 였다.
발굴한CNV 밑 CNVR의 일반적 성상
전체 738 개 샘플에서 성염색체 부위를 제외한 15.465 개의 CNV 가 발견되었고 이중에서 Gain 이 6,854 개, Loss 가 8,611 개임을 확인했다. 그림 3 은 1 번 염색체에서 X 염색체에 이르는 whole-genome CNV 양상의 예를 보여주고 있다. 붉은색 영역이 copy number gain에 해당하는 부분이며 초록색영역은 copy number loss 를 나타낸다. 이중 SW-array 알고리즘에 의해 CNV 로 규정된 견형적인 DNA structure variation의 예뜰은 화살표로 표시되어 있다. 그림 3 하단 그림에서는 22 번 염색체중 20/7 ~ 20.9 Megabase 부위의 copy number gain 이 빈번하게 관찰되는 구역과 copy number loss가 빈번하게 나타나는 CNVR 의 예를 보여주고 있다.
ABSTRACT
Objective
Endometriosis is one of the most common gynecologic disorders affecting, 2-22 % of women of reproductive age. Despite extensive researcgh of endometriosis including gentic studies, the etiology and pathogenesis is quitelimited. This study was designed for identiffication and validation of copy number variation (CMV) in patients with pelvic endometriosis.
Meterials and Methods
We genotyped subjects (65 cases of endometriosis and 673 matched controlf with no pelvic endometriosis is ease ) for CMV screening with affimatrix SNP Chip. Forty one regions were screened for candidates of CMV were analysis. Real-time quantitative statistically by multiple regression analysis. Real-time quantitative PCR (qPCR) was used for confirmation of candidate and region for pelvic endometriosis.
Results
Association analysis was performed 41 CMV region(CMVR). There were two CMVR were identified with significant difference between endometriosis and control group (P<0.05). CMVR of lq21.3 is not containing any coding gene and showed significant difference of copy number loss in endometriosis comparingto control (p<0.028).CMVRof lql3.3 is coding glutathione S-transferase Ml(GSTMl), and showed much higher copy number gain CMV in endometriosis comparing control (p〈 0.038). Genomic qPCR showed significantly less deletion of CMV in endometriosis group in lq21.3region (p=0.032) CMV lpl3.3 was gained more in the group of endometriosis, but there was no significance (p=0.237).
Conclusion
This study identified two CMVR for endometriosis. Iq21.3 and lpl3.3 coud be potential target for screening and diagnosis of pelvic endometriosis.
